@Alex18

#includedir /etc/sudoers.d

Эта строчка почему-то два раза, должна быть один раз.

username vps-379.v# Cmnd alias specification

Эта строка вообще странная. Похоже Вы испортили файл.
Если так, то надо вернуть исходное содержимое:

#
# This file MUST be edited with the 'visudo' command as root.
#
# Please consider adding local content in /etc/sudoers.d/ instead of
# directly modifying this file.
#
# See the man page for details on how to write a sudoers file.
#
Defaults        env_reset
Defaults        mail_badpass
Defaults        secure_path="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/snap/bin"

# Host alias specification

# User alias specification

# Cmnd alias specification

# User privilege specification
root    ALL=(ALL:ALL) ALL

# Members of the admin group may gain root privileges
%admin ALL=(ALL) ALL

# Allow members of group sudo to execute any command
%sudo   ALL=(ALL:ALL) ALL

# See sudoers(5) for more information on "#include" directives:

#includedir /etc/sudoers.d

и повторить то, что написано в инструкции.

username vps-379.vps-default-host.net=(root) PASSWD: /bin/su

Эту строчку нужно убрать, вторая правильная. После редактирования этого файла что делаете?

Пользователь @Alex18 написал в Настройка VDS:

root@vps-479:~# PubkeyAuthentication yes

Это не команда, а строчки в файле "/etc/ssh/sshd_config". Открывается файл командой:

nano /etc/ssh/sshd_config

Но перед этим нужно войти под новым пользователем, не под root.

@Admin подскажите, у меня после команды: sudo su -
выскочило (пользователь is not allowed to run sudo on localhost. This incident will be reported.)

Как заходите? Все шаги из раздела "Добавляем нового супер-пользователя" выполнили, ошибок не было?

Может вы как-то не полностью ввели команду

echo "username $(hostname)=(root) PASSWD: $(which su)" >> /etc/sudoers

Это всё одна команда, разбивать нельзя.

В связи со сложившейся ситуацией в мире и РФ, онлайн торговля становится более популярной. Чтобы сделать наш продукт ещё более доступным, мы установили скидку 25%.
Всего за 3000 руб. (единоразовый платеж) наши клиенты получают готовый интернет-магазин с бесплатной установкой на хостинг (требуется последующая оплата услуг хостинга).

Подробнее:
https://shopker.org/catalog/shopker-info

@Alex18

@Admin подскажите согласно вашей инструкции, надо все это установить (Настройка VDS и установка Nginx, PHP, MongoDB, Shopker) и потом панель http://ajenti.org/ , или наоборот

Моя инструкция не предполагает использования панели. Для панели нужно писать отдельную инструкцию. Но, если так хочется использовать панель управления хостингом, то Вам нужно самостоятельно найти инструкцию по настройке этой панели. Порядок установки в этом случае примерно такой:

1. https://shopker.org/documentation/setup_vds Используете эту инструкцию до шага "Установка Shopker". Также, возможно, нужно пропустить шаг "Установка PHP".
2. Устанавливаете панель управления веб-сервером.
3. Устанавливаете Shopker из панели, используя её инструменты (файлменеджер, редактор конфигурации Nginx и т.д.).

@Alex18

@Admin супер!!! а какую панель для управления хостингом, лучше установить?

Из бесплатных знаю только http://ajenti.org/. Но новую версию я пока не пробовал.

https://shopker.org/documentation/setup_vds

@Alex18

@Admin Спасибо. А если не секрет, что за хостинг у Вас? там есть возможность установки MongoDB?

У меня vultr . com. Виртуальный выделенный.

Просто боюсь расстояние будет влиять на время отклика.

Я думаю прошли те времена, когда расстояние было критичным для времени отклика. Это критично только для очень больших сайтов (как соц. сети), т.к. там число посещений очень большое.
Лично я уже долгое время использую хостинг, сервера которого расположены в Германии. Со скоростью проблем не замечал.